Можно ли с помощью Вашей программы рассчитать правильное расположение груза, чтобы не было перегруза по осям?

Да.
Во флэш-сервисах нагрузка по осям рассчитывается для двухосных автомобилей (типа "Газель" и др) и для полуприцепов с седельными тягачами.
В программе packer3d и Главном сервисе packer3d ver3 пока только для двухосных автомобилей. Вскоре появится версия и для траков.