Мы бы не хотели дублировать БД груза и транспорта в нашей информационной системе и в packer3d. Может ли packer3d работать совместно с существующей системой и использовать одни базы данных?

Packer3d в модификациях "prof" и "corp" легко интегрируется в другие информационные системы и работает с одними базами данных.
Для модификации "prof" возможна однопользовательская схема интеграции, для "corp" - многопользовательская.